天然食用色素在医药上应用也很广泛， 如各种液体药品中的显色，各种药丸、药片外衣的红、黄、绿等色彩。因色素在这方面的用量大、范围广且与人类的健康有较大关联，所以，必须给这些色素予以高度重视。药物是治病的，不能因其带色而影响人们健康。将辣椒红色素作为药品糖衣着色剂的应用研究结果表明:辣椒红色素在乙醇和增溶剂吐温- 80 的作用下，可均匀分散在糖浆中。可用做糖衣片着色剂，其优点为色泽鲜艳明快，使人乐于接受，尤其是作小儿用药更佳，同时兼有防潮作用。辣椒红色素中的β- 胡萝卜素能防止一种特别有害的低密度脂蛋白的形成，因为低密度脂蛋白可以破坏血管壁上细胞的排列，加速血栓的形成，故对防止和治疗动脉硬化及恶性发展有一定的效果。同时，对所有癌症来说胡箩卜素及维生素A 浓度低者患癌症的危险性为正常浓度的2 倍。因此，许多嗜辣的民族，如东南亚、印度， 罹患癌症的几率都比西方国家少，辣椒红色素还具有一定的保健作用。
【化妆品中】：
化妆品"天然化"和" 保健化"已成热门，其中亦涉及到色素的使用。化妆品中如口红、胭脂等的颜色有重要地位，并对人体有直接影响，特别是对经常使用者诸如文艺工作者影响较大。可喜的是这方面现已有少量天然色素的试制品。因此，为美化人民的生活，并有利于人民的健康，应大力开发天然化妆品，将天然食用色素(辣椒红色素等)应用于化妆品中。
【饲料应用】：
对辣椒红色素的改性及在饲料中的应用研究表明:辣椒红色素的物理改性与皂化改性二者比较，皂化改性生产的产品更容易被动物吸收，也比物理改性的辣椒红色素稳定。同时，辣椒红素制品与叶黄素制品二者配合使用，效果更明显。
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