纳他霉素是一种天然、广谱、高效安全的酵母菌及霉菌等丝状真菌抑制剂，它不仅能够抑制真菌，还能防止真菌毒素的产生。纳他霉素对人体无害，很难被人体消化道吸收，而且微生物很难对其产生抗性，同时因为其溶解度很低等特点，通常用于食品的表面防腐。生物防腐剂。
1.乳酪
纳他霉素可防止乳酪在成熟时发霉，以限制霉菌毒素的形成。因它很难透入乳酪，只停留在乳酪表面，所以在控制乳酪表面霉菌生长很有优势，而且不影响乳酪的成熟过程。具体的应用方法有三种：1). 0.05%～0.28%纳他霉素喷于乳酪制品的表面2). 把盐渍后的乳酪在0.05%～0.28%浓度悬浮液中浸泡2～4分钟. 3 把 0.05%纳他霉素加到覆盖乳酪的涂层中。
2.广式月饼
月饼营养丰富，饼皮饼馅以及咸蛋黄都常会发生霉变。纳他霉素对月饼有良好的防霉效果。 使用时一般采用喷洒法: 将纳他霉素产品配制成0.02% ～0.04%的悬浮液，月饼烘烤后冷却至常温时，将 Natamycin的悬浮液喷涂在月饼的表面四周及底部，即可完成外部防霉。生咸蛋黄入炉烤至七八成熟，取出冷却后浸泡于Natamycin悬浮液中约2 分钟，即可防止蛋黄馅的霉变。
3.面包糕点
将100~500ppm纳他霉素溶液喷在烘焙食品如蛋糕、白面包、酥饼的表面，或将纳他霉素喷洒在未烘烤的生面团的表面，其防霉保鲜效果是非常理想，对产品的口感不产生任何影响。
4.肉制品
采用浸泡或喷洒肉类食品的方法，使用4mg/cm2 纳他霉素时即可达到安全而又有效的防霉目的。以0.05%~ 0.2% (w/v)浓度的纳他霉素悬浮液浸泡肠衣，或用来浸泡或喷洒已经填好馅料的香肠表面，都可有效地防止香肠表面长霉。烤肉、烤鸭等烤制品、鱼干制品，亦可通过喷洒 0.05%~0.1% (w/v) 浓度纳他霉素悬浮液，延长产品的货架期。
5.沙拉酱
沙拉酱是一种高脂肪食品，每年入夏以后品常有霉变发生。文献报道沙拉酱中加入10ppm纳他霉素，试验期间未发现变质现象，微生物数量无显著变化。沙拉酱与乳酪相似，脂肪含量较高，试验说明纳他霉素对高脂肪食品抑菌效果确切。
6.酱油
在室温较高的夏季，在酱油中添加 15ppm的纳他霉素，可有效抑制酵母菌的生长与繁殖，防止白花的出现。将纳他霉素和乳酸链球菌素结合起来应用于酱油防霉，可以更有效的抑菌，并降低抑菌浓度。
7.饮料
由于各种果汁中含糖量、有机酸的含量均较高，很适合酵母菌的生长繁殖，引起果汁的腐败变质。使用纳他霉素可以增加非酒精饮料的贮存稳定性。葡萄汁 应用20ppm的纳他霉素即可防止因酵母的污染而导致的果汁发酵，添加100 ppm可完全终止发酵活性。橙汁 由于在自然条件下受到真菌的污染，橙汁一般放置一周便会变坏，加入纳他霉素后，即使其剂量低至1.25ppm，存放在2℃～4℃下，保质期可长达8周。纳他霉素的抑菌效果与存放温度有一定的关系，10℃存放的浓缩橙汁，10ppm即可抑制其中的酵母生长；存放在室温下，则需 20ppm纳他霉素才有抑菌作用。 苹果汁 30ppm的纳他霉素，其防止苹果汁发酵的时间可长达6周之久，且果汁的原有风味绝无改变。番茄汁70 mg/kg浓度的 纳他霉素对番茄汁有很好的防霉保鲜效果。
8.其他
在年糕和馒头中的使用，可防止霉变，有效地延长货架期。在食醋等调味品中，使用的纳他霉素，可防止霉菌和酵母菌引起的变质。在啤酒、葡萄酒中，2.5mg/kg的纳他霉素可使保质期大大延长。此外,在酸奶中添加5～10ppm的纳他霉素，可以使产品的货架期延长4周以上
【医药用途】
纳他霉素被用于治疗真菌感染，包括假丝酵母、曲霉菌、镰刀霉等，也被用作眼药水或者口腔药剂中，在这些应用中，人体对纳他霉素的吸收较少。口服时，基本没有从胃肠道被吸收，因此使它不适用为系统传染的药物。纳他霉素在眼药水中也有应用，其5%的纳他霉素含量适用于治疗微生物引起的真菌性睑炎、结膜炎和角膜炎，包括腐皮镰刀菌角膜炎